Además del mejillón cebra, en la demarcación se encuentran otras especies invasoras que generan importantes daños a los ecosistemas. A nivel nacional, se encuentran listadas dentro del Catálogo Español de Especies Exóticas Invasoras (RD 1628/2011; RD 630/2013). Cada comunidad autónoma posee además su propio listado.
Desde la CHJ se empezaron a hacer seguimientos de especies exóticas invasoras ligadas al Dominio Público Hidráulico en 2019. En 2020 se publicó la Guía de especies exóticas invasoras ligadas al DPH (Guía de campo de especies exóticas e invasoras en DPH en pdf).
En este documento (Muestra de especies invasoras en pdf) se muestran algunas especies invasoras de aguas continentales potencialmente presentes en la demarcación e incluidas en el Catálogo Español de Especies Exóticas Invasoras.